Bioinformatica

Informatica cu aplicaţii în biologie

Bioinformatica
                         Lector: Dr. C.M. Niculae

În ecuaţia de influenţare a lumii vii, aşa cum o cunoaştem noi, intră secvenţa:
funcţionalitatea unei proteine -> structura 3D a ei → secvenţa de aminoacizi →secvenţa de nucleotide a genei corespunzătoare.

Experienţa de până acum ne îndreptăţeşte să concepem secvenţele (de aminoacizi sau nucleotide) ca fiind memoriile naturale ale lumii vii. Folosind acest raţionament simplu putem spera să deducem funcţiile unei proteine dacă cunoaştem secvenţa care o memorează.

Cum? Prin analiza comparativă a proteinelor care au funcţii şi secvenţe asemănătoare.

Însă lumea vie este foarte bogată şi diversă. Aceasta a condus la constituirea unor imense baze de date ce conţin secvenţe de nucleotide şi aminoacizi. Iată cum, domeniul constituirii şi utilizării bazelor de date (care era până nu demult un teritoriu exclusiv controlat de informaticieni, matematicieni şi fizicieni), a trebuit să devină familiar specialiştilor în biochimie, biologie, medicină, genetică etc.

Dr. C.M. Niculae, Facultatea de Fizica, Universitatea din Bucuresti, 2004

Cursul se adresează studenţilor de la Facultatea de Fizică a Universităţii din Bucureşti ce urmează direcţia de specializare în Biofizică şi Fizică Medicală

Why Bioinformatics?

  Scientists cross-trained in computer science and molecular biology are essential partners in the drug discovery process.

  They uncover thousands of new genes, predict their functions and roles in disease, model their three-dimensional structures, and describe their complex mechanisms of regulation and interaction.

  Moreover, bioinformaticists create the software tools and databases that enable the visualization and analysis of data, ultimately leading to exciting and testable hypotheses.

  By transforming the raw data of the human genome into useful information, they will enable some of the most impressive advances in drug discovery in the near future.

Enoch S. Huang, Ph.D., Senior Research Scientist, Pfizer Discovery Technology Center

What is Bioinformatics ?

  • The analysis of biological information using computers and statistical techniques;.
  • The science of developing and utilizing computer databases and algorithms to accelerate and enhance biological research.
  • The collection, organization and analysis of large amounts of biological data, using networks of computers and databases.
  • The process of developing tools and processes to quantify and collect data to study biological systems logically.
  • The use of computing tools to manage and analyze genomic and molecular biological data.
  • The study of the inherent structure of biological information and biological systems. It brings together biological data from genome research with the theory and tools of mathematics and computer science. 
  • The science of informatics as applied to biological research. Informatics is the management and analysis of data using advanced computing techniques.  
  • The use of computers in solving information problems in the life sciences. It mainly involves the creation of extensive electronic databases on genomes, protein sequences etc. Also involves techniques such as three-dimensional modelling of biomolecules and biological systems.

 

Bibliografie

  1. James D. Tisdall, Mastering Perl for Bioinformatics, O'Reilly Media; 1 edition,2003 (ch9)
  2. C.M. Niculae, Bioinformatica, Ed. Univ. Buc., 2004

Link-uri utile

  1. Active Perl: Se descarca versiunea x86 de aici si se instaleaza http://www.activestate.com/activeperl/downloads
  2. BioPerl: instructiuni de instalare pentru windows. Se alege varianta GUI Instalation care este cea mai simpla. Activeperl +Bioperl ocupa aprox 150MB dupa instalare.
    http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_on_Windows
--- *** ---

Pagină actualizată la 12 Februarie 2011.